Výhodou vnútornej filtrácie akvária je predovšetkým jej cena. Nie je totiž tak nákladná na obstaranie ako filtre vonkajšie, ktoré majú väčší obsah filtračných hmôt a sú umiestnené mimo akvárium.

Existujú tri základné typy vnútorných filtrov. Jednak filtre s motorom, ktoré sú kompaktné a obsahujú v sebe ako čerpadlo, tak filtračný molitan. Ich nevýhodou je, že neobsahujú príliš veľa filtračných náplní. Najznámejšími priekopníkmi filtrov s motorom sú vnútorné filtre Eheim. Ďalšou možnosťou je obstaranie čerpacej hlavy, ktorá slúži ako čerpadlo, ktorým prechádza voda, na ktorú nasadíme molitanovú kocku. Dostaneme tak väčší priestor pre filtračný materiál. Posledným typom sú tzv. bublifuky, ktoré sa napájajú na vzduchovací motorček. Tie sú vhodné skôr pre malé akvária do 50 litrov.